Als „Motor und Mentor des österreichweiten kirchlichen Reformprozesses 1997/98“ wird er bezeichnet. Manche nannten ihn sogar den „Bischof des Kirchenvolksbegehrens“ – was er natürlich zurückweisen musste. – Geblieben ist bei „Wir sind Kirche“ eine gute Erinnerung an einen hörenden, liebenswürdigen, unaufgeregten Kirchenführer, dem es ums Brückenbauen ging.
"Wir sind Kirche" anerkennt insbesondere den großen Einsatz von Bischof Weber als damaliger Vorsitzender der Österreichischen Bischofskonferenz für das Zustandekommen des Dialogprozesses zwischen Kirchenleitung und Kirchenvolksbegehren gegen belegbare mächtige römische Widerstände (Papst Johannes Paul II, Kardinal Joseph Ratzinger). Höhepunkt dieses Unternehmens war eine Delegiertenversammlung im Oktober 1998 in Salzburg. Leider wurde der erforderliche "Dialog für die österreichische Kirche" zu einem "Dialog für Österreich" verwässert. Unter dieser weiten Themenstellung konnten brennende Probleme der österreichischen Kirche elegant unbesprochen bleiben.
Bischof Krätzl erinnert sich: „Die rund 300 Teilnehmer befassten sich in zwölf Dialoggruppen mit Schwerpuntkthemen und erarbeiteten Stellungnahmen zu theologisch-kirchlichen und gesellschaftspolitischen Themen. Die Mehrheit der Delegierten sprach sich etwa für die Einführung des Frauendiakonats oder die Priesterweihe von bewährten verheirateten Männern aus, weitergehende Vorstellungen wie die Zulassung von Frauen zur Priesterweihe wurden aber zurückgewiesen.“ "Die Weiterarbeit war schlecht", so Krätzl.
(https://www.erzdioezese-wien.at/site/home/nachrichten/article/84066.html)
Bischof Weber ist dafür aber kein Vorwurf zu machen. Er hat noch in seiner Predigt beim Abschlussgottesdienst vehement zur Weiterarbeit aufgerufen. Die hat nicht stattgefunden. Daran leidet nicht nur die österreichische Kirche bis heute.
Ein Detail am Rande: zu dieser Delegiertenversammlung waren die Eingeladenen „handverlesen“ und kamen aus allen Bereichen des kirchlichen Lebens. Von „Wir sind Kirche“ waren nur zwei der 300 Teilnehmenden geladen (Thomas Plankensteiner und Ingrid Thurner). Allerdings stellte sich heraus, dass weit mehr als die Hälfte der Teilnehmenden das Kirchenvolksbegehren unterschrieben hatte…. Dennoch: am geltenden Kirchenrecht scheitern Reforminitiativen bis heute, bei noch so großer Zustimmung des Kirchenvolkes.
„Sehr gerne denke ich an Bischof Johann Weber zurück und sehe ihn noch vor mir, als er mich vor 50 Jahren im Grazer Dom zum Priester geweiht hat. Wir mochten unseren Bischof sehr. Nicht nur während meiner Zeit in Graz, auch nicht nur, weil er gerne mit uns im damaligen „Lorenzheim“ - wo er selbst Nachkriegsjahre mit seinen Eltern verbrachte – lustige und auch scharfe Tarockrunden spielte. Er war nahe bei uns, nahe bei allen Menschen, denen er begegnete, er sorgte sich wirklich um Seelen und das am liebsten ohne Stab und Mitra. Seine von mancher Seite beschnittene Offenheit für Reformen in der Kirche, für die Rolle der Frau, für wichtige Funktionen von „Laien“, Frauen und Männern im kirchlichen Gefüge, diese seine Offenheit leuchtete immer wieder durch und machte Mut, den Geist des II. vatikanischen Konzils immer wieder aufzugreifen und eine Umsetzung zu versuchen. Ich bin dankbar, dass ich Johann Weber froh und manchmal auch traurig, zufrieden und auch enttäuscht, dankbar und auch zornig erleben durfte! Der Mensch Weber stand immer vor dem Amt…“
Peter Zuber, ehemaliger Diözesansprecher OÖ für Wir sind Kirche
„Er hat 1995 die aufgeheizte Stimmung unter den Katholik*innen Österreichs nicht noch weiter angeheizt (wie so manche seiner Kollegen), sondern alles versucht, die Lage zu beruhigen. Wir haben ihm die mehr als 505.000 Unterschriften zum Kirchenvolks-Begehren in Form von Senfkörnern überreicht, und er hat sie mit großem Respekt entgegengenommen. Uns war klar, zu welchem Spagat er damit aufgefordert war. Ich kannte ihn aus meiner Zeit als Diözesanverantwortlicher für die Kath. Mädchen- Jungschar Tirols (in den späten 60er Jahren): schon damals habe ich gespürt, dass das ein Kirchenführer ist, der die Hand am Puls der Gläubigen hat, einer, dem die Menschen wichtiger sind als alle erstarrten Strukturen…“
Martha Heizer, Vorsitzende von „Wir sind Kirche-Österreich"
„Die Begegnungen mit ihm erinnern mich an seine herzliche Art, wie er den Bischofsdienst auf Augenhöhe ausgeübt hat. Er hat den Anschein erweckt, dass er in den Reformen der Kirche weiter gehen wollte, als er sich letztlich getraut hat. Es war ermutigend, dass er unsere Kirche "in der Spur des Konzils" halten wollte, wie es der Titel einer Biografie von ihm sagt.“
Pfarrer Gidi Außerhofer